Due vicende mettono in discussione l'indipendenza dell'ente. Quella di Giuseppa Guglielmino, la cui notorietà è legata alla vicinanze all'attuale capo di gabinetto del ministro Schillaci, nominata alla comunicazione dell'Agenza. E quella di Carlo Monti, che ha rinunciato alla guida dell'Hta dopo essere rimasto l'unico candidato