Il virus della Hondius: un vecchio ceppo, ma con condizioni nuove di contagio

Il sequenziamento del virus associato al focolaio della motonave Hondius, su un campione di 5 pazienti, dimostra che appartiene al clade 3 e risulta vicino a due isolati argentini descritti da Martínez e colleghi nel 2020, indicati come NRC-3 e NRC-4, trovati in due giovani pazienti con febbre di San Martín de los Andes, nella provincia di Neuquén, in Patagonia. Questo primo dato è importante, perché i virus del clade 3 non sono stati coinvolti nell’episodio con superdiffusione di Epuyen, appartenenti al clade 2, che mostrano importanti differenze di sequenza. L’estrema similitudine del virus Hondius con NRC-3 e NRC-4, isolati 8 anni fa, comporta innanzitutto la mancanza di riassortimento delle tre regioni che compongono il genoma virale, S, M, L, per un virus che è capace di scambiarle tra ceppi diversi.

Tuttavia, estrema similitudine non significa assenza di differenze; mi sono quindi preso la briga di allineare le sequenze odierne a quelle di NRC-3 e NRC-4 per evidenziare eventuali variazioni. Quelle che cambiano la sequenza delle proteine (e quindi quelle che possono avere un effetto sulla biologia del virus) si concentrano nel segmento M del genoma, quello che codifica le glicoproteine di superficie Gn e Gc. Sono le proteine esposte all’esterno della particella virale, coinvolte nell’ingresso nella cellula e nella fusione con le membrane cellulari – insomma sono proteine equivalenti alla ormai famosa Spike del coronavirus. Se si analizzano i genomi e la posizione delle differenze nelle proteine virali, le sostituzioni rispetto ai virus argentini del 2018 appaiono poche e soprattutto non sembrano poter influenzare in modo molto significativo le funzioni del virus. Confrontando fra di loro i virus sin qui disponibili per 5 pazienti diversi, i dati provenienti da laboratori diversi e ottenuti con tecniche diverse sono convergenti: i virus sequenziati sono quasi sovrapponibili. I segmenti S e M del genoma coincidono tra le sequenze confrontate, mentre nel segmento L compaiono soltanto due variazioni confermate, entrambe sinonime, cioè incapaci di cambiare le proteine virali. Tra i pazienti sequenziati, dunque, non emerge una diversificazione significativa del virus, il che punta ad una sola fonte comune per l’infezione verificatasi.

La scarsità di differenze tra i virus argentini del 2018 e quello del 2026 è compatibile con la biologia di Andes virus, come già rilevavano Martinez e colleghi nel 2020. La circolazione principale avviene nei roditori serbatoio, in particolare il ratto pigmeo del riso dalla coda lunga Oligoryzomys longicaudatus. In quel serbatoio il virus può mantenersi per anni con cambiamenti limitati, perché non subisce necessariamente la pressione evolutiva tipica dei virus che passano continuamente da uomo a uomo in popolazioni molto grandi. Il genoma descrive quindi un virus vicino a linee già note. Il virus della Hondius è diverso dai suoi parenti più prossimi, come ci si attende da un virus campionato anni dopo, ma, a meno di sorprese, le differenze paiono poche, localizzate soprattutto nelle glicoproteine, in gran parte conservative, senza alterazioni evidenti dei siti di glicosilazione, senza cambiamenti proteici in L e S, senza reassortment e senza evoluzione proteica apprezzabile tra i pazienti sequenziati.

NRC-3 e NRC-4 erano stati osservati in pazienti che non hanno generato nuove infezioni in altri soggetti, almeno per quanto se ne sa, e non avevano prodotto un grande focolaio riconosciuto. L’episodio della Hondius mostra il limite predittivo di quel dato storico: una linea virale vicina a quelle già osservate in Patagonia può restare associata a casi sporadici in un contesto (quello originale del 2018) e propagarsi tra persone in un altro, quando cambiano le condizioni di esposizione, come nella crociera del 2026. La nave ha offerto condizioni particolari: spazi condivisi, permanenza prolungata, contatti ripetuti, possibile assistenza informale a persone malate, ritardo iniziale nel riconoscimento dell’agente. Andes virus era già noto per la possibilità di trasmissione interumana in condizioni di contatto stretto e prolungato. Il focolaio della Hondius rientra in questa cornice, senza richiedere un virus con infettività nuova o aumentata. Le domande decisive riguardano ora il meccanismo di trasmissione. Serve stabilire quando un paziente diventa contagioso: durante la febbre iniziale, nella fase respiratoria, nella fase più grave della malattia, oppure – e sarebbe il caso ovviamente peggiore – già da asintomatico. Serve capire quali materiali biologici contano di più: secrezioni respiratorie, saliva, droplets, aerosol a breve distanza, contatto ravvicinato, procedure di assistenza. Serve stimare con quale efficienza avviene il contagio, pur sapendo che un valore affidabile di R0 è difficile da calcolare quando i casi sono pochi, le catene sono brevi e non si può sempre distinguere con sicurezza tra esposizione ambientale comune e trasmissione tra persone.

Le sequenze disponibili indicano un Andes virus del clade 3 vicino a linee già note, con pochi cambiamenti proteici e senza segnali genetici forti di nuove proprietà biologiche. Il rischio nasce dalla combinazione tra un patogeno già grave e un ambiente capace di favorire contatti stretti e ripetuti. Per misurarlo davvero occorre ricostruire come questo virus, già presente nella storia naturale sudamericana, riesca a passare da una persona all’altra: in quale fase clinica, attraverso quali vie, con quale frequenza e in quali condizioni. Oggi sappiamo che abbiamo di fronte un patogeno che, fino ad oggi, ha causato solo focolai che si sono autoestinti; ma la vigilanza va mantenuta, perché bisogna procedere bayesianamente, aggiornando la nostra conoscenza con i dati man mano che arrivano.